Le SARS-CoV-2 est probablement issu de la combinaison de deux coronavirus qui ont infecté le même animal. Et si ce processus se répétait chez l'humain et aboutissait à une nouvelle pandémie ? Une hypothèse peu probable, mais pas invraisemblable.
[EN VIDÉO] « Les super-propagateurs », qui sont-ils et comment influencent-ils la diffusion du coronavirus ? Le coronavirus continue de se propager et l'apparition successive de clusters localisés fait craindre un retour du virus à une plus grande échelle... Les "super-contaminateurs" sont-ils à l'origine de cette pandémie ?
De nombreuses craintes ont émergé ces derniers mois sur une possible mutation du SARS-CoV-2, qui l'aurait rendu plus virulent ou plus infectieux. Mais c'est une autre menace qui inquiète aujourd'hui certains chercheurs : celui d'une recombinaison du virus avec un autre coronavirus commun, ce qui donnerait un nouvel hybride et une nouvelle pandémie.
Plusieurs éléments soutiennent cette hypothèse. D'abord, les coronavirus ont tendance à se recombiner facilement. « C'est même l'un de leurs principaux modes d'évolution », explique Étienne Simon-Loriere, spécialiste des virus à ARN à l'Institut Pasteur. En comparaison avec d'autres virus à ARN, qui évoluent plutôt par mutation, les coronavirus sont plutôt stables, car ils possèdent des enzymes qui « vérifient » superficiellement que la copie de l'ARN ne comporte pas d'erreurs. Du coup, peu de mutants du SARS-CoV-2 sont connus à ce jour, et encore il s'agit de mutations mineures.
La recombinaison, mode d’évolution favori des coronavirus
Pour évoluer et tromper la résistance du système immunitaire, les coronavirus ont donc une autre tactique. Leurs enzymes de réplication sautent fréquemment d'une partie de la matrice d'ARN à une autre, ce qui les rend prompts à remixer leur génome et à « voler » le matériel d'autres coronavirus apparentés. Une étude, menée par le chercheur Huiguang Yi, de l'Université des Sciences et Technologie de Shenzhen en Chine, a ainsi étudié 84 génomes de SARS-CoV-2 et a montré que certaines souches n'ont pu se former que par recombinaison avec une autre souche.
Une co-infection possible avec d’autre virus
Une deuxième condition est toutefois nécessaire pour qu'une recombinaison avec un autre coronavirus intervienne. « Il faut qu'une même personne soit infectée par les deux coronavirus simultanément, et que ces derniers soient présents dans la même cellule, précise Étienne Simon-Loriere. C'est très rare, mais pas impossible ».
D'autant moins que le coronavirus est parfaitement capable de cohabiter avec d'autres virus, plusieurs cas de co-infection ayant été documentés avec le virus de la grippe, le virus respiratoire syncytial (TSV) ou d'autres virus communs du rhume. Ces derniers sont les plus préoccupants, car ce sont de coronavirus proches du SARS-CoV-2 et donc plus susceptibles de se recombiner facilement avec lui. Il se pourrait aussi que le SARS-CoV-2 se retrouve chez une personne infectée par le MERS-CoV, un autre coronavirus qui circule encore occasionnellement. Cet hybride créerait alors une maladie entièrement nouvelle.
Le SARS-CoV-2, un mélange de coronavirus de pangolin et de chauve-souris ?
Le troisième élément qui vient supporter la thèse d'une recombinaison est que le SARS-CoV-2 est sans doute lui-même un mélange entre deux autres coronavirus. « L'une des hypothèses est qu'il est issu d’un virus du pangolin et d’un coronavirus de chauve-souris qui se sont retrouvés par hasard chez le même hôte», décrit Étienne Simon-Loriere. Chez l'humain, toutefois, cette cohabitation est loin d'être évidente.
« Très souvent, le virus qui émerge de telles recombinaisons est peu viable. Au cours du cycle de réplication, les protéines des différents virus interagissent entre elles et sont souvent incompatibles. Aujourd'hui, il n'y a pas d'exemple de recombinaison entre les quatre coronavirus du rhume qui circulent depuis plusieurs années », insiste le chercheur. Pour cette même raison, une recombinaison avec un virus très différent comme celui de la grippe est encore plus hautement improbable.
Un vaccin « universel » contre tous les coronavirus ?
Alors faut-il s'inquiéter ? Une telle recombinaison menacerait-elle un futur vaccin ? « Tout dépend de la partie du virus concernée », tempère Étienne Simon-Loriere. Si c'est une protéine de surface du virus, celle qui sert au système immunitaire à identifier le pathogène, alors le vaccin sera en effet moins efficace. « En revanche, si c'est une partie interne du virus comme la polymérase [qui sert à la réplication], alors cela ne devrait pas avoir de conséquences ». L'idéal serait du coup de fabriquer un vaccin « universel » ciblant par exemple cette polymérase afin d'obtenir un vaccin efficace sur toutes les souches de coronavirus en même temps.
Finalement, même si le virus arrivait à se recombiner, rien ne dit que ce nouvel hybride serait plus agressif. Il pourrait à l'inverse être bénin, comme ceux des coronavirus actuels du rhume. Le pire n'est jamais sûr.
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