C'est une course contre la montre dont on ne connaît ni toutes les règles... ni tous les adversaires: à mesure que la pandémie accélère, de nouveaux variants apparaissent et défient la recherche scientifique.
Combien de variants ?
Comme tout virus à ARN, le Sars-Cov-2 a déjà muté des milliers de fois : c’est son évolution naturelle. A chaque réplication du virus, des "erreurs" de copie modifient le virus. Et plus il circule, plus il mute. Le Sars-Cov-2 est réputé plutôt stable: il mute plus lentement
La plupart de ces mutations n’ont aucune conséquence concrète pour l’homme.
Mais plusieurs variants affichent une modification substantielle de leurs caractéristiques : plus contagieux, plus pathogène, plus résistant, etc.
Les mutations du virus fonctionnent sur le principe de la sélection naturelle : quand un variant acquiert un "avantage sélectif", il s’impose assez rapidement, étant "plus fort" que son prédécesseur. Très concrètement, le variant britannique étant plus contagieux, il est logique qu’il remplace le virus "classique", puisqu’il se propage plus vite.
A l’inverse, si un variant moins contagieux émergeait – cela s’est sans doute déjà produit – il est probable qu’on ne s’en rende même pas compte : il disparaîtrait rapidement sous la pression des autres "versions" du virus.
A ce jour, on a identifié de façon certaine trois variants, dits "britannique", "sud-africain" et "brésilien".
Le premier est apparu dans le Kent (sud-est de l’Angleterre), probablement à l’automne, et a été signalé à l’OMS le 14 décembre comme plus transmissible. Il est désormais prédominant en Grande-Bretagne. Il circule désormais dans au moins 54 pays... où il remplacera à moyen terme les souches précédentes.
Le second serait apparu en août en Afrique du Sud, où il est depuis devenu majoritaire. Il a été signalé à l’OMS le 18 décembre.
Enfin, y a-t-il un, deux variants brésiliens? Ou plus encore ? Selon cet article du Monde, publié dans le blog "Réalités biomédicales", il y en aurait au moins deux : un premier identifié dans la région de Manaus (Amazonas) en décembre, particulièrement inquiétant. Et un second, importé au Japon par quatre voyageurs de retour du Brésil.
Mais celui-ci, selon les autorités sanitaires japonaises, ne serait pas le même...
Quelles mutations ?
Elles sont nombreuses, mais seul un petit nombre inquiète vraiment : celles qui affectent la fameuse protéine Spike (ou spicule, ou encore "protéine S"). Elle sert au virus pour pénétrer nos cellules… et elle est ciblée par les vaccins pour le neutraliser.
La mutation N501Y a été identifiée sur l’ensemble de ces nouveaux variants. Elle est entre autres responsable de leur plus grande transmissibilité, en permettant au virus de "s’accrocher" plus facilement aux cellules humaines.
Les mutations K417T/N et, surtout, E484K ont aussi été repérées sur les variants sud-africains et brésiliens.
Quelles inquiétudes ?
Il est à peu près certain que la mutation N501Y rend le virus plus contagieux mais, a priori, pas plus mortel.
Dans les faits, même si c'est contre-intuitif, il vaut mieux un virus deux fois plus mortel que deux fois plus contagieux: le premier fera 2 fois plus de morts. Le second fera exploser rapidement le nombre de cas, et donc le nombre de décès, comme nous l'expliquait dans cet article Guillaume Rozier, fondateur de CovidTracker.
Avec, en un mois, une multiplication par 30 ou 50 du nombre de contaminations... et des décès dans les mêmes proportions.
> Le point sur le variant britannique dans cette vidéo
La mutation E484K, quant à elle, suscite une autre inquiétude : elle pourrait rendre le virus moins réceptif aux vaccins, parce qu’il serait moins facilement identifié par les anticorps.
En clair, un peu comme s’il s’agissait d’un nouveau virus. Au mieux, le vaccin serait un peu moins efficace. Au pire, il ne le serait plus du tout.
L'inquiétante mutation E484K
L'université de Seattle a publié début janvier des travaux sur les virus porteurs de la mutation E484K: pour le moment, ils confirment que ces variants sont beaucoup moins bien détectés par les anticorps d'anciens malades du covid.
Jesse Bloom, responsable de l'équipe de Seattle, se veut d'abord rassurant: "Personne ne devrait s’inquiéter d’une mutation catastrophique unique qui rendrait soudainement toute immunité et tous les anticorps inutiles", a-t-il déclaré. "Ce sera un processus qui se déroulera sur une échelle de temps de plusieurs années et qui nécessitera l’accumulation de multiples mutations virales", détaille-t-il.
Pour autant, ses travaux sur le variant brésilien identifié au Japon montrent son inquiétante prolifération dans une région où 76% de la population dispose d'anticorps naturels (lire plus bas).
Ces quelques mutations ne sont qu'une infime partie de l'ensemble et les chercheurs en redoutent de nouveaux... voire une combinaison mortifère.
Quelles conséquences ?
Si ces mutations peuvent sembler abstraites, leurs conséquences sont bien visibles.
Le reconfinement express du Royaume-Uni, pile un mois après un déconfinement, le 4 décembre, sans doute un peu hâtif, l’a montré: un système de santé à bout de souffle, paralysé par une explosion des contaminations.
Conséquence directe : la mortalité s’est elle aussi envolée à des niveaux record, en dépit des mesures sanitaires prises dans l’urgence par Boris Johnson juste avant et juste après Noël.
A Manaus, au Brésil, une hécatombe est attribuée à la mutation E484K. Ephémère exemple de "l’immunité collective", la ville où 76% des habitants avaient des anticorps contre le Sars-CoV-2 a vite déchanté. Elle est désormais plongée dans un indescriptible chaos, ses habitants faisant la queue pour remplir leurs bouteilles d’oxygène au prix fort et tenter de garder leurs proches en vie, à domicile.
A l’hôpital de cette métropole de 2 millions d’habitants, la pénurie d’oxygène a causé la mort de dizaines de patients et le personnel soignant est débordé.
Et au cimetière, le "carré" réservé aux morts du covid-19 n'en finit plus de s'étendre...
La mutation E484K rendrait en effet le virus moins sensible à la réponse immunitaire. D’où un premier cas documenté de réinfection : soignée en juin pour un covid avéré, une femme de 37 ans a été réinfectée en octobre par une forme plus grave, par un variant portant cette mutation. Un indice grave en faveur de cette hypothèse…
Depuis, une expérience en laboratoire l’a confortée : confronté au plasma d’un patient guéri – et donc de ses anticorps – un coronavirus a été poussé à muter. Verdict : au bout de trois mois, un variant portant la mutation E484K est apparu.
Quelles inconnues ?
C’est tout le problème : comme quand la maladie a commencé à se propager, début 2020, on a encore plus de questions que de réponses certaines.
A commencer par : les vaccins resteront-ils efficaces ? Nous n’en savons rien. Seule certitude : ils "ciblent" plusieurs "parties" de la fameuse protéine Spike, et non pas les seules concernées par des mutations. Mais la multiplication de celles-ci pourrait amoindrir l'efficacité vaccinale.
Les laboratoires assurent pour l'instant qu’ils sauront "adapter" leurs vaccins assez rapidement si besoin. Qu’il faudrait, à nouveau, produire et administrer massivement.
Resterait un problème de taille : celui, inéluctable, de l’apparition de nombreux nouveaux variants, dont les versions les plus "fortes" prendraient le pas sur les autres. Ce n'est qu'une question de temps: plus le virus circule, plus il mute.
Le directeur général de l’Organisation mondiale de la Santé appelle à la vigilance sur l’apparition de nouveaux variants:
Plus le Covid-19 se répand, plus il y a de chance qu’il évolue. A noter que la transmissibilité de certains variants du virus semble augmenter
Tedros Ghebreyesus, directeur général de l'OMS
Surtout si l’on ne parvient pas à vacciner assez vite la population, ou que l’on espace trop les première et deuxième injections. Des circonstances propices… à la circulation forte du virus, et donc à l’apparition de cette résistance.
Espacer les doses des vaccins ? Comme nous l’expliquions dans cet article, le virologue Paul Bieniasz estime qu’il "ne s'y prendrait pas autrement s’il voulait causer l’apparition de variants résistants aux vaccins".
En plus du masque, du gel hydroalcoolique ou autres gestes barrières, le maintien d'une distance physique entre chaque personne s'impose plus que jamais, à l'heure où le virus n'a jamais autant circulé sur la planète. Et sous des formes encore plus dangereuses qu'avant.
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