Depuis le début de l’épidémie de covid-19, plusieurs variants ont circulé et souvent de manière simultanée dans des territoires donnés. Il n’est donc pas surprenant que des personnes aient pu être contaminées par deux souches différentes en même temps, c’est ce qu’on appelle une co-infection. Chez elles, les deux virus vont pouvoir échanger leur matériel génétique lorsqu’ils infectent les cellules et ainsi faire apparaître un « recombinant » qui comporte une partie du génome de chacun. « Ce phénomène est fréquent chez le SARS-CoV-2 (le virus responsable de la covid-19) », rapporte Santé publique France, dans sa dernière analyse de risques publiée ce week-end. La fréquence de ces recombinaisons s’est encore amplifiée lorsque les vagues Omicron et Delta se sont superposées, notamment en France, entre la mi-décembre et la mi-janvier. « La diffusion d’Omicron était alors très élevée et c’est sans doute à ce moment-là qu’il y a eu des cas de recombinaison », confirme au Télégramme Vincent Enouf, directeur adjoint du Centre national de référence des virus respiratoires de l‘Institut Pasteur.
Les grandes différences génétiques entre Omicron et Delta rendent encore plus facilement détectable leur « rejeton Deltacron ». « Plusieurs suspicions de recombinants Delta/Omicron ont été rapportées récemment au Royaume-Uni, aux États-Unis et en Australie, et d’autres sont en cours d’investigation », précise Santé publique France, après une fausse alerte à Chypre en début d’année.
Une possibilité pour tenter de repérer « Deltacron » consiste à réaliser le criblage des tests PCR positifs de patients, une méthode qui permet de distinguer des mutations caractéristiques de variants. Si un test de criblage détecte à la fois la mutation L452R, associée à Delta, et une de celles typiques d’Omicron, le prélèvement va être séquencé car il donne un fort indice de co-infection chez le patient. De cette manière, on pourra connaître la carte d’identité génétique d’un éventuel recombinant. « Au 21 février, 59 co-infections Delta/Omicron probables ont été identifiées en France », note Santé publique France. « Aucune d’elles n’a été associée à un recombinant, explique au Télégramme Étienne Simon-Lorière, responsable de l’unité de génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur. Une co-infection chez un individu ne signifie pas forcément qu’il y a eu recombinaison des deux variants.
C’est par le séquençage et principalement les enquêtes « Flash », que l’Institut Pasteur et ses partenaires du consortium Emergen sont parvenus à détecter 10 cas de Deltacron de manière quasi certaine en France. Ils ont en effet repéré trois mutations caractéristiques d’un « Deltacron » découvert au préalable en France, au Danemark et aux Pays-Bas, grâce au partage mondial des génomes des virus.
Le nombre réel de cas est sans doute bien plus important « même s’il ne s’agit pas d’un virus qui circule à haut bruit pour l’instant », rassure Vincent Enouf. Les 10 cas identifiés sont issus de différentes régions. Sont-ils tous liés par un évènement, un lieu, d’où la diffusion de ce recombinant aurait pu commencer ? « On n’a pas d’évidence de ça », répond Étienne Simon-Lorière. À noter qu’aucun cas n’a encore été découvert en Bretagne, selon nos informations.
La recombinaison est un phénomène naturel de l’évolution virale. Elle n’en fait pas un virus plus dangereux qu’un autre.
« Les phénomènes de recombinaison entre deux variants différents représentent des évènements de divergence génétique majeurs », assure Santé publique France, qui rappelle toutefois qu’« il est difficile de prédire quelles seront les caractéristiques d’un tel recombinant par rapport aux deux variants parentaux et d’anticiper son impact en santé publique ». « La recombinaison est un phénomène naturel de l’évolution virale. Elle n’en fait pas un virus plus dangereux qu’un autre », constate Vincent Enouf. D’après les premières observations partagées par ce chercheur de Pasteur, les patients touchés par Deltacron ne présentent pas de « signes cliniques plus graves » : « Il n’y a pas plus d’hospitalisations », précise-t-il encore.
Comme Deltacron embarque des parties de protéines virales de Delta et Omicron déjà bien reconnues par les anticorps vaccinaux ou post-infection, le risque de forme grave serait toujours réduit. « Il y a suffisamment de proximité génétique pour que nos anticorps fonctionnent », constate Étienne Simon-Lorière, qui indique que le recombinant débusqué en France « présente quasiment toute la protéine Spike d’Omicron ». De son côté, Santé publique France affirme que « des analyses complémentaires sont en cours ».
Ce recombinant pourrait-il se diffuser largement en France ? « C’est le temps qui nous le dira. S’il a un avantage quelconque, il pourra peut-être prendre le pas mais si son taux de diffusion est plus faible qu’Omicron, il va circuler un peu à bas bruit, puis il s’éteindra », conclut Étienne Simon-Lorière.
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