Le virus Sars-CoV-2 responsable de la maladie Covid-19 se découvre au fil de ses victimes. Sa transmission, sa durée de contagion, ses symptômes, ses facteurs de risque, sa mortalité : voici ce que l'on sait de lui aujourd'hui.
[Mise à jour le mercredi 15 avril à 15h27] Fin 2019, des cas groupés de pneumonies surviennent en Chine dont certains sont mortels. Le 9 janvier, le virus responsable est identifié, il s'agit d'un nouveau coronavirus appelé Sars-CoV-2. En mars, ce virus très contagieux s'est répandu sur les 5 continents de la Terre et a contaminé près de deux millions de personnes dans plus de 185 pays, sur 198 au total, faisant 128 000 morts. On sait désormais que ce virus est 10 fois plus mortel que le virus H1N1, responsable de la pandémie de grippe en 2009, indique l'OMS lors d'une conférence de presse virtuelle du lundi 13 avril. Et plus l'épidémie progresse, notamment en France, plus on en sait sur ce mystérieux coronavirus...
Après avoir été baptisé nCoV-2019 dans un premier temps, ce nouveau coronavirus a été appelé SARS-CoV-2 (SARS pour "Syndrome Aigu Respiratoire Sévère" et CoV pour "COronaVirus"). Sa maladie a été nommée Covid-19 le 11 février 2020 par l'OMS pour signifier :
- "Co" signifie "corona",
- "vi" pour "virus" et
- "D" pour " disease" ("maladie" en anglais).
Le chiffre 19 indique l'année de son apparition : 2019. "Nous avons dû trouver un nom qui ne faisait pas référence à un lieu géographique, à un animal, à un individu ou à un groupe de personnes" a précisé le directeur général de l'OMS, le Dr Tedros Adhanom Ghebreyesus, pour éviter toute stigmatisation de la maladie.
Le SARS-CoV-2 appartient à la famille des coronavirus (comptant un grand nombre de virus) qui peuvent provoquer des maladies bénignes chez l'homme comme un rhume et des pathologies plus graves comme le Sras. La contamination est d'origine animale. L'épidémie est partie d'un marché local de Wuhan en Chine où étaient vendus des animaux sauvages. Actuellement, on ne sait toujours pas avec certitude quel animal en est responsable. Il pourrait s'agir de la chauve-souris où a été détecté un virus très proche du Sars-CoV-2. Le 7 février 2020, des scientifiques de l'Université d'agriculture du sud de la Chine ont identifié le pangolin comme un "possible hôte intermédiaire" soupçonné d'avoir transmis le coronavirus à l'homme. Ce petit mammifère consommé dans le sud de la Chine pourrait être impliqué comme hôte intermédiaire entre la chauve-souris et l'homme. Le pangolin est un mammifère couvert d'écailles menacé d'extinction, dont la chair délicate est très prisée dans la gastronomie chinoise et vietnamienne. Dans un communiqué, les scientifiques expliquent qu'un animal peut être porteur d'un virus sans pour autant être malade et le transmettre à d'autres espèces comme l'homme. Après l'analyse de 1 000 échantillons, les scientifiques ont pu montrer que les génomes de séquences de virus prélevés sur les pangolins étaient à 99 % identiques aux virus retrouvés sur des personnes atteintes du nCoV, indique Chine Nouvelle. Rappelons que lors de l'épidémie de Sras de 2002-2003, l'hôte intermédiaire du virus était la civette, un petit animal au pelage gris dont la viande est consommée en Chine. La chauve-souris a, elle aussi, été à l'origine de transmission de virus à l'homme dont le Sras, le MERS en Arabie Saoudite mais aussi Ebola.
Contrairement à la grippe qui s'installe brutalement, une infection par le coronavirus "se fait progressivement sur plusieurs jours" indique l'Institut Pasteur. Des malades rapportent des symptômes qui apparaissent sur une semaine et un temps de guérison assez long. "Dans plus de 80% des cas, les signes sont tout à fait mineurs. Ce sont des angines ou des rhinopharyngites" indiquait le Pr Karine Lacombe, cheffe de service des maladies infectieuses à l'hôpital Saint-Antoine à Paris, lors d'un point de presse à la télévision le 28 mars 2020.
L'OMS distingue plusieurs syndromes cliniques associés au SARS-CoV-2 : la maladie non compliquée, la pneumonie non sévère, la pneumonie sévère, le SDRA (syndrome de détresse respiratoire aigue), le sepsis et le choc septique. Dans les cas les plus graves de Covid-19, qui nécessitent une prise en charge médicale : des signes respiratoires (difficultés à respirer pouvant conduire à un syndrome de détresse respiratoire aiguë c'est-à-dire une défaillance des fonctions respiratoires).
Chez les enfants : toux ou difficultés respiratoires associées à l'un des signes suivants : cyanose, détresse respiratoire aiguë (geignement), signes de pneumonie avec un signe d'alarme : prise de boisson ou allaitement impossible, perte de connaissance ou convulsions.
La durée moyenne d'incubation est de 4 jours avec une durée maximale de 12 à 14 jours.
La durée pour guérir du Covid-19 n'est pas vraiment fixée. Selon le Dr Gérald Kierzek, "au bout d'une quinzaine de jours quand on a des symptômes bénins. La guérison est spontanée sauf quand il y a une forme grave et qu'on se retrouve en réanimation où on a besoin d'oxygène, où on a une pneumonie et là on a besoin d'avoir des médicaments. Les malades de réanimation restent longtemps hospitalisés, c'est plus de 20 jours".
Pour les patients Covid-19 ne nécessitant pas d'hospitalisation et qui doivent donc restés confinés à domicile, le Haut Conseil de la Santé publique précise les critères de levée de confinement à savoir : une disparition de la fièvre et d'une éventuelle dyspnée à partir du 8e jour après le début des symptômes. Il est également recommandé de porter un masque pendant 7 jours après cette guérison en cas de contact avec une personne à risque.
Actuellement, selon le Haut Conseil de la Santé publique, une disparition de la fièvre et d'une éventuelle dyspnée à partir du 8e jour après le début des symptômes confirme la guérison du . "Après avoir rencontré un virus, notre organisme développe des défenses immunitaires appelées anticorps, lui permettant de se défendre contre ce virus. Après l'infection au coronavirus, nous ne savons pas encore bien si ces anticorps sont efficaces et pour combien de temps. Bien que nous soyons encore à un stade précoce pour se prononcer sur cette question, de l'avis des scientifiques les premières données semblent rassurantes, car ce jour, aucun cas réellement confirmé de re-contamination ne semble avoir eu lieu" explique le gouvernement français sur son site. Ce qui n'est pas le cas en Corée du Sud où 91 patients considérés comme guéris du coronavirus ont présenté une rechute. Ces patients ont en effet été de nouveau testés positifs, a annoncé le KCDC (Centre coréen de contrôle et de prévention des maladies) en début de semaine, comme le rapporte Bloomberg. Selon le directeur général du KCDC, Jeong Eun-kyeong, il ne s'agirait pas d'une nouvelle infection mais d'une réactivation du virus chez ces patients diagnostiqués positifs peu après leur sortie de quarantaine. Des virologues et épidémiologistes ont également déclaré que le virus COVID-19 pourrait rester latent dans certaines cellules du corps et attaquer à nouveau les organes respiratoires une fois réactivé. Plusieurs cas de rechutes ont déjà été déclarés, au Japon et en Chine.
• Au Japon, c'était une femme d'une quarantaine d'années travaillant à bord d'un bus touristique qui a été diagnostiquée positive au coronavirus Covid-19 pour la deuxième fois, avait annoncé le gouvernement de la préfecture d'Osaka le 27 février 2020.
• En Chine, le site du média local Caixin a rapporté, le 26 février, que 14% des patients sortis des hôpitaux de la ville de Guangdong, dans le sud du pays, avaient été testés positifs au coronavirus à l'occasion de nouveaux examens.
Les personnes les plus à risque de développer une forme grave d'infection au coronavirus :
- personnes âgées de 70 ans et plus (même si les patients entre 50 ans et 70 ans doivent être surveillés de façon plus rapprochée) ;
- patients présentant une insuffisance rénale chronique dialysée, insuffisance cardiaque stade NYHA III ou IV
- les malades atteints de cirrhose au stade B au moins
- les patients aux antécédents (ATCD) cardiovasculaires : hypertension artérielle, ATCD d'accident vasculaire cérébral ou de coronaropathie, chirurgie cardiaque ;
- les diabétiques insulinodépendants ou présentant des complications secondaires à leur pathologie. Chez les diabétiques, la Société francophone du diabète explique que les symptômes du Covid-19 ne diffèrent pas : toux, fièvre, courbatures, fatigue mais aussi parfois signes digestifs. En revanche, l'infection aura tendance à déséquilibrer le diabète (tout comme lors d'une grippe). En présence d'une toux et d'une fébricule chez une personne ayant un diabète, l'absence de déséquilibre important du diabète est un élément rassurant allant plutôt contre COVID-19 – mais imposant, en situation d'épidémie, de rester chez soi. En cas de déséquilibre du diabète, il y a un risque important de décompensation cétosique.
- les insuffisants respiratoires chroniques sous oxygénothérapie ou asthme ou mucoviscidose ou toute pathologie chronique respiratoire susceptible de décompenser lors d'une infection virale ;
Les personnes avec une immunodépression :
- médicamenteuses : chimiothérapie anti cancéreuse, immunosuppresseur, biothérapie et/ou une corticothérapie à dose immunosuppressive,
- infection à VIH non contrôlé avec des CD4 <200/mn3
- consécutive à une greffe d'organe solide ou de cellules souche hématopoïétiques,
- atteint d'hémopathie maligne en cours de traitement,
- présentant un cancer métastasé.
Les femmes enceintes à partir du 3e trimestre
Les personnes présentant une obésité morbide (indice de masse corporelle > 40kg/m2 : par analogie avec la grippe A(H1N1)
Comme pour beaucoup de maladies infectieuses, les personnes ayant des comorbidités, souffrant de maladies chroniques (hypertension, diabète), les personnes âgées (plus de 70 ans), immunodéprimées ou fragiles présentent un risque plus élevé. Dans les cas plus sévères, la maladie peut entraîner un décès.
Les enfants et les adolescents sont beaucoup moins souvent atteints de formes symptomatiques : ceux de moins 10 ans représentent 1% des cas, ceux de 10 à 19 ans 1% des 72 314 cas chinois décrits par Wu dans une étude publiée dans le Jama le 24 février 2020. Cette particularité est partagée avec l'infection à MERS-CoV et la grippe. D'autres données internationales et françaises confirment la bénignité de l'infection chez les enfants (les cas graves et les décès sont extrêmement rares). Les enfants de moins de 15 ans représentent moins de 1% des admissions en réanimation au 5 avril en France et aucun enfant de moins de 15 ans n'est décédé du COVID en France. Un décès est survenu chez une adolescente de 16 ans (Santé Publique France). Sur son site, la Société française de pédiatrie confirme que "les enfants semblent très peu touchés par ce virus" mais qu'ils peuvent "transmettre la maladie même s'ils sont peu malades". D'où l'inquiétude de nombreux parents à l'idée de renvoyer leurs enfants à l'école le 11 mai prochain.
Deux publications sur Covid-19 concernent les femmes enceintes. L'une publiée dans le Lancet porte sur 9 femmes, âgées de 26 à 40 ans, avec infection documentée à SARS-CoV-2 au troisième trimestre de grossesse et aucune comorbidité. Elle n'a pas montré de gravité particulière de l'infection en fin de grossesse et d'une transmission au foetus. L'autre concerne aussi 9 femmes enceintes (dont 1 grossesse gémellaire) et rapporte l'absence de différence dans la présentation clinique de l'infection.
La particularité du nouveau coronavirus, en comparaison au Sras, au virus Mers ou à celui de la grippe, c'est sa forte contagion. "Le coronavirus du Sras n'était contagieux que quelques jours après le début des symptômes, 4 jours après. Ce qui laissait le temps de diagnostic et d'isoler les malades avant qu'ils aient contaminé d'autres personnes. Avec le Sras, tous les malades avaient des formes sévères donc ils étaient tous identifiés, on ne passait pas à côté de formes bénignes qui auraient pu être inaperçues. Avec ce coronavirus, la contagion commence avec le début des symptômes et parfois chez des gens qui n'ont pas de symptômes" a expliqué le Pr Arnaud Fontanet, épidémiologiste à l'Institut Pasteur lors d'une table ronde au Sénat le 26 février 2020.
→ Un virus plus contagieux que la grippe : la transmissibilité du SARS-CoV-2 est supérieure à celle de la grippe saisonnière. Le RO ((nombre moyen de personnes auxquelles un malade risque de transmettre la maladie) se situerait entre 2 et 3, quand il n'est que d'1 pour la grippe saisonnière. Mais le 13 avril, le chirurgien Guy-André Pelouze a déclaré sur CNews que "le facteur de contagiosité (du coronavirus) est probablement plus près de 5,7 que de 2 à 3". Le nouveau coronavirus est aussi très contagieux car il est nouveau et que la population française n'y a jamais été confrontée.
→ Une contagion pendant plusieurs semaines : Autre fait constaté au fil de l'épidémie par les soignants, la durée de contagion de ce nouveau coronavirus qui peut aller jusqu'à un mois chez certains malades, comme l'indiquent des professionnels sur le Collectif Inter-réanimation sur Facebook. "Certains de nos patients sont encore positifs après plus de 3 semaines de réanimation" déclare l'un de ces soignants.
Un test de diagnostic développé par le centre national de référence des virus respiratoires (Institut Pasteur) est disponible en France pour diagnostiquer une infection par ce nouveau coronavirus. Il est réalisé actuellement par une technique de laboratoire spécifique sur un écouvillonnage nasopharyngé dont le résultat peut être obtenu généralement en 4 heures. Aucun test commercial n'est disponible. Il y a :
- un prélèvement systématique des voies respiratoires hautes (naso-pharyngé /écouvillons Virocult® ou aspirations)
- un prélèvement des voies respiratoires basses (crachats, LBA, ATB) en cas d'atteinte parenchymateuse.
La France devrait proposer dans les semaines à venir des tests sérologiques recherchant la présence d'anticorps du Covid-19 dans le sang. L'objectif est d'évaluer le nombre de personnes qui ont pu rencontrer ce virus et être immunisées. Ces tests permettent de détecter dans le sérum la présence d'anticorps de classes IgM et IgG spécifiques du Sars-CoV-2. Ils utilisent la méthode ELISA (enzyme linked immunosorbent assay) applicable sur des automates à haut débit capables d'effectuer des centaines de tests par jour. Ils pourront être pratiqués dans la majorité des laboratoires d'analyse médicale. Il existe aussi des tests rapides d'orientation diagnostique (TRODs) présentés sous un format unitaire, détectant les anticorps à partir d'une simple goutte de sang en quelques minutes.
Aucun traitement n'a prouvé sa totale efficacité pour combattre le SARS-CoV-2. De nombreux essais cliniques testant l'efficacité de médicaments contre le coronavirus sont en cours et recensés par l'OMS.
- Dans les formes légères de la maladie qui ne nécessitent pas d'hospitalisation : en cas de fièvre, il est conseillé de prendre du paracétamol et non des anti-inflammatoires qui peuvent faire flamber l'infection. Il faut surveiller l'évolution des symptômes et en cas d'aggravation avec difficultés à respirer, appeler le 15.
- Dès lors que l'infection nécessite un recours à l'oxygénothérapie (y compris à bas débit) l'hospitalisation est nécessaire. En présence de signes de gravité, un traitement peut être envisagé : utilisation d'un médicament antiviral (association lopinavir ritonavir, voire le Remdesivir dans les cas les plus sévères) ou, à défaut de l'hydroxychloroquine comme l'indique le Haut Conseil de la Santé Publique.
- Dans les formes inflammatoires avec syndrome de détresse respiratoire aigüe (SDRA), les options thérapeutiques doivent être discutées au cas par cas.
- L'essai Discovery pour tester 4 associations de médicaments
Un grand essai baptisé Discovery est par ailleurs lancé le 22 mars 2020 sur 3200 Européens atteints du coronavirus dont 800 patients français par l'Inserm pour analyser l'efficacité de cinq formules de traitements :
- soins standards
- soins standards plus remdesivir,
- soins standards plus lopinavir et ritonavir,
- soins standards plus lopinavir, ritonavir et interféron beta
- soins standards plus hydroxy-chloroquine.
Cinq hôpitaux français participent au départ (Paris – hôpital Bichat-AP-HP, Lille, Nantes, Strasbourg, Lyon) puis d'autres centres pour arriver au moins à une vingtaine d'établissements participants. En Chine, une vingtaine d'essais cliniques sont en cours pour analyser l'efficacité de cette molécule chez des patients infectés par le SARS-CoV-2. L'hydroxycholoroquine (analogue de la chloroquine) utilisée dans le traitement de la polyarthrite rhumatoïde et du lupus fait également l'objet de deux essais en Chine dans la maladie COVID-19. Par ailleurs, une antibiothérapie est mise en place en cas de pneumonies.
Le nouveau coronavirus se transmet entre les humains essentiellement par la salive, les gouttelettes (toux, éternuements), par contacts rapprochés avec des malades (poignées de mains...). Il peut aussi se transmettre par des surfaces contaminées (les coronavirus survivent jusqu'à 3 heures sur des surfaces inertes sèches et jusqu'à 6 jours en milieu humide). Un lavage de mains régulier (toutes les heures environ) et le port de masques participent à la réduction de la transmission du virus. "Pour ralentir la progression du virus dans la population, il nous faut donc éviter au maximum toute proximité et tout contact avec autrui, installer une barrière virtuelle entre les individus, se référer scrupuleusement aux consignes de gestes-barrière : confinement chez soi, respect de la distance entre les individus, lavage fréquent des mains au savon ou au gel hydro-alcoolique. C'est l'unique façon à ce jour de lutter individuellement contre la progression de l'épidémie. C'est notre devoir de le faire ", prévient le Dr Patrick Aubé, médecin généraliste.
Transmission via les selles
Comme l'indique le Haut Conseil de la Santé Publique dans un Avis rendu le 5 mars "le SARS-CoV-2 peut être retrouvé dans les liquides biologiques dont les selles. Toutefois, le caractère infectieux du virus détecté dans les selles chez certains cas n'est pas avéré et le risque de transmission fécale n'a pas été documenté".
Transmission par les animaux
A l'heure actuelle, rien ne prouve que les animaux domestiques comme les chiens et les chats peuvent propager le virus et/ou être infectés par l'homme.
Transmission par l'eau : A ce jour, il n'a pas été rapporté de contamination par l'eau. "Cette maladie est à transmission respiratoire et probablement de l'animal à l'homme, mais la source n'est pas encore identifiée" explique le gouvernement français.
Selon les dernières données scientifiques, il existerait deux souches circulantes du virus (L et S).
- La souche S serait plus ancienne que la souche L. À ce stade, rien ne permet de confirmer si la mutation a eu lieu chez l'homme ou chez les hôtes intermédiaires (animal).
- La souche L serait la souche circulante la plus sévère et la plus fréquente (70% des échantillons testés dans l'étude), tandis que la souche S serait moins agressive et moins fréquente (30% des échantillons).
"Grâce aux moyens de détection et aux mesures de lutte contre le coronavirus, la circulation de la souche L, plus sévère et donc plus facilement détectable, tend à diminuer" indique le gouvernement sur son site. Ce virus peut muter même si comme le souligne le Dr Gérard Kierzek "depuis décembre il n'a pas muté". Avant de rappeler que si la mutation du virus inquiète, elle n'est pas forcément plus dangereuse pour l'homme : "La mutation peut aller dans les deux sens, vers plus de virulence ou moins de virulence, plus de contagiosité, moins de contagiosité."
Le Covid-19 est une maladie très contagieuse. En l'absence de traitements vraiment efficaces pour la contrer, la prévention consiste à respecter plusieurs gestes barrières.
• Vaccin : délai, pistes de travail...
Dès le début de l'épidémie de coronavirus en France, les chercheurs se sont affairés à mettre au point un vaccin contre ce virus très contagieux. Selon l'Agence européenne du médicament (EMA), un tel vaccin ne devrait pas être disponible avant au moins un an. Parmi les pistes envisagées, produire un vaccin à partir de celui de la rougeole ou du BCG (tuberculose).
La mortalité du Covid-19 est importante chez les adultes. 62% des personnes décédées au 31 mars 2020 présentaient des co-morbibidités et 90% avaient 65 ans et plus. Selon l'Organisation mondiale de la Santé, le Covid-19 serait 10 fois plus mortel que le H1N1, virus responsable de la pandémie de grippe en 2009.
Sur le mois de mars, l'âge moyen des décès enregistrés en France est de 80,5 ans et 59% des certificats concernent des hommes.
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