
Delta, Omicron, BA.2... De nouveaux variants du SARS-CoV-2 ont fait leur apparition ces derniers mois. Les scientifiques scrutent de près l'apparition de nouvelles mutations et émettent l'hypothèse que celles-ci trouvent principalement naissance chez les personnes immunodéprimées.
Existe-t-il un lien entre les patients dont le système immunitaire est affaibli et les mutations du SARS-CoV-2 ? Depuis plusieurs mois, la surveillance épidémiologique des variants du Covid-19 est sans aucun doute au centre de la stratégie de lutte contre le virus. La communauté scientifique se penche sur l'évolution du virus en s'intéressant de près à trois facteurs : sa transmissibilité, sa virulence et sa faculté de résistance face à l'immunité vaccinale.
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En décembre 2021, le variant Omicron et ses trente mutations, repérés en Afrique du Sud, étaient au centre des attentions. Pour expliquer l'apparition de cette nouvelle souche, les chercheurs ont analysé le processus d'infection chez des patients immunodéprimés : "Ces variants ont peut-être réussi à évoluer chez des individus immunodéprimés, car le virus a pu persister suffisamment longtemps pour y parvenir", explique Dr Luke Blagdon Snell, chercheur au sein du King’s College of London and Guy’s and St Thomas’ NHS Foundation Trust.
Des mutations lors de la réplication
En pratique, un virus mute lorsqu'il infecte un organisme. Quand il pénètre dans une cellule, un virus se réplique : il se copie lui-même pour se propager. À chaque réplication, des erreurs se produisent dans la copie du génome du virus, comme un "bug" informatique. Mais cette erreur peut avoir une incidence plus ou moins importante sur la façon dont se comporte le virus. Cette mutation peut être "favorable" au virus (elle l'aide le virus à mieux survivre), ou "défavorable" (elle l'affaiblit).
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Les scientifiques du King’s College of London se sont intéressés de près à ce mécanisme chez les personnes immunodéprimées. De mars 2020 à décembre 2021, ils ont sélectionné un panel de plusieurs patients qui présentaient un affaiblissement de leur système immunitaire, soit à cause d’une transplantation d'organes, du VIH, d’un cancer ou à cause de traitements médicaux pour d'autres maladies.
Neuf de ces patients ont été infectés par le virus et cinq d'entre eux ont développé une mutation après l'infection. Certaines mutations étaient même associées à des variants préoccupants, tels que Delta, Alpha, ou Omicron. "Cela fournit la preuve que les mutations trouvées dans les variants préoccupants surviennent chez les patients immunodéprimés et soutient l'idée que de nouveaux variants peuvent se développer chez ces derniers", poursuit Dr Luke Blagdon Snell.
Un patient contaminé 505 jours
Comment expliquer ce phénomène ? Selon les scientifiques, cela pourrait être lié à la durée de contamination. Chez des patients immunodéprimés, le virus est amené à rester dans les organismes pendant plusieurs semaines, parfois même plusieurs mois. Selon un communiqué du Congrès européen de microbiologie et de maladies infectieuses, un patient londonien a ainsi été contaminé pendant près de 505 jours, jusqu'à sa mort.
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"Pendant toute cette période, le virus peut accumuler toute une série de mutations et créer un variant", explique Morgane Bomsel, virologue au CNRS et à l'Institut Cochin, auprès de France 24. Lors de ce processus, le virus ne va progressivement garder que les mutations qui lui permettent de continuer à se reproduire et de résister.
Selon le Dr Gaia Nebbia, co-auteur de l'étude du King’s College of London, "il est essentiel de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques pour ces patients afin d’éliminer l’infection au plus vite [...] Cela pourrait prévenir l’apparition de nouveaux variants."
L'Afrique du Sud, le terreau fertile des variants ?
Au cours de la pandémie, de nombreux variants ont été détectés en Afrique du Sud. Avant la détection d'Omicron, deux d'entre eux avaient même pris le nom, depuis modifié, de "variants sud-africains" : le Bêta et le "C.1.2.". Si cela peut s'expliquer par le fait que le pays réalise beaucoup de séquençages de tests, la théorie de l'immunodépression peut être également avancée dans le cas africain.
En Afrique du Sud, sept millions de personnes ont été touchées par le Sida (soit près de 12% de la population). Le pourcentage de personnes soignées reste particulièrement faible : seulement 57% de la population malade en 2017.
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